上海市现代种业协同创新中心围绕我国在水稻、马铃薯和猪等主粮作物种源创新方面的重大需求，以破解种业“卡脖子”问题为抓手，依托上海交通大学，联合中国农科院深圳农业基因组研究所、上海市农业生物基因中心、隆平高科种业科学研究院等单位，协同开展种质创新研究。协同中心聚焦种业创新，利用交大学科优势、结合研究所底盘种质资源优势和育种企业育种、市场优势，以形成先进的种质创新能力，为我国农业现代化发展提供交大智慧。

中心成立了技术委员会，荣誉主任为许智宏院士，主任为万建民院士。协同创新中心成立了水稻、马铃薯、大动物和特色园艺作物种质创新研究团队。各团队均由相关领域的高水平学术带头人、青年科研人才、博士后、研究生等组成。