上海市转化医学协同创新中心于2012年底成立，2021年通过2018-2020三年建设绩效评估，获上海市医学和健康领域唯一优秀，纳入新一轮重点支持范围，并获教育部省部共建协同创新中心认定。中心依托上海交通大学医学院及附属医院等协同单位，围绕肿瘤、精神神经、眼病、肝病、代谢性疾病等重大慢病开展新药研究。中心以基础-临床转化和生物医药产业需求为导向，以促进知识服务和加速成果转化为出口，聚焦（1）临床价值导向的原始创新研究；（2）新药物、新技术、新产品的临床研究；（3）产医融合、医企对接促进成果转移转化，服务国家和上海生物医药产业发展，为我国生物医药产业发展起到了补链和强链的作用，已成为对行业发展和学科发展有重要贡献的基地。