上海生物制造产业省部共建协同创新中心由华东理工大学牵头组织，依托复旦大学生物学和华东理工大学化学、化工、材料等国家一流学科，联合复旦大学、中科院上海分院、上海医药集团、三生国健药业、浙江海正药业等单位组建，对于支撑上海全球科技创新中心建设、培育生物制造国家战略新兴产业、提升我国生物制造产业的国际竞争力具有重大意义。2020年被教育部认定为省部共建协同创新中心，2021年上海市省级协同创新中心评估中获得“优秀”成绩。中心目标是建设世界一流的生物制造产业协同创新中心。

中心建设有先进生物反应器、工业生物催化、菌种基因改造与高通量筛选、海洋鱼类疫苗、动物细胞大规模培养、生物技术药物、微藻能源、生物分离、公用仪器等多个平台，可以为医药、食品、环保、能源、新材料、医药中间体、精细化学品、天然提取物、轻工、日化等多个产业提供研发和技术服务。