上海市内镜微创协同创新中心依托复旦大学上海医学院，校内负责单位为复旦大学附属中山医院内镜中心。复旦大学附属中山医院内镜中心目前是上海市临床重点专科建设项目，依托于卫生部消化内镜培训基地、上海市消化内镜诊疗工程技术研究中心、复旦大学内镜诊疗研究所、美国消化内镜学会国际培训合作中心和中国医师协会内镜培训基地，以消化道疾病内镜微创诊治为特色，是享誉海内外的集临床诊治、科学研究和专科人才培养为一体的重要平台。团队获2019年国家科技进步奖二等奖，2018年中华医学科技奖二等奖，2017年教育部科学技术进步奖一等奖，等。内镜团队世界首创多项内镜新技术，创建并推广内镜微创诊疗技术体系，逐渐取代外科手术成为符合适应证的消化系统疾病治疗金标准。